Мечеть Магоки-Аттари относится к типу квартальных мечетей, строившихся в Бухаре в 12-14 веках. Мечеть имеет второе название Мох. Изначально на месте, где сейчас стоит мечеть, находилось языческое культовое сооружение - Храм Луны. «Мох» в переводе с персидского означает «луна». Впервые мечеть была построена здесь в 10 веке. Рядом с ней располагался базар, где торговали идолами, лекарственными растениями и пряностями.
В результате пожара в 11 веке эта мечеть практически полностью сгорела. В 12 веке мечеть была перестроена по старому плану. Но и это здание было разрушено спустя три столетия. Новое возрождение мечети относится к середине 16 века.
На протяжении многих веков место расположения мечети покрывалось культурными наслоениями. К моменту очередного возрождения мечети фундамент ее главного фасада, заложенный в 12 веке по старому плану, ушел в грунт почти на 4,5 метра.
В одном из своих трудов бухарский историк Наршахи называет подобные мечети «магок», что можно перевести как «глубокая мечеть», или дословно «мечеть в яме».
Строительное решение и декор Магоки-Аттари отличаются богатством и удивительным разнообразием архитектурных стилей, присущих разным историческим эпохам. Здесь сочетаются выступающий пештак, увенчанный аркой; портальные ниши, заполненные ячеистыми сталактитами; сомкнутые четвертные колонки, присущие доисламской архитектуре; так называемая «домонгольская» кладка «бантиками»; фигурная кладка, выполненная из шлифованного кирпича; узоры, выложенные резными кирпичиками; отделка из терракотовой плитки и поливной терракоты.
Существует множество легенд, связанных с мечетью Магоки-Аттари. Одна из них гласит, что когда-то, еще до возникновения первой синагоги в Бухаре, в этой мечети иудеи совершали свои молитвы одновременно с мусульманами, но в разных углах здания. Согласно другой версии этой легенды иудеи приходили на молитву в эту мечеть после мусульман. И именно этим объясняется обычай, присущий только бухарским евреям, заканчивать утреннюю молитву традиционным приветствием «Шалом алейхем!» («Мир вам!»).
